Etelä- ja Keski-Pohjanmaan vajaamielislaitoksen kuntainliiton perustamissuunnitelma hyväksyttiin 6.5.1964. Perustamislupa anottiin vuonna 1965 ja lupa saatiin 451-paikkaiselle hoitolaitokselle. Seinäjoen kaupunki luovutti 65,10 hehtaarin suuruisen tontin laitoksen käyttöön.

Kuntayhtymän alkuperäinen maa-alue Seinäjoella muodostui Pikku-Esko, Esko, Vuorimäki ja Orava –nimisistä tiloista. Etelä-Pohjalaisissa murteissa nimi Esko venyy muotoon Eskoo. Aluksi Eskoo oli epävirallinen käyttönimi, joka myöhemmin otettiin keskuslaitoksen viralliseksi nimeksi. 

Vuosi 1966 oli suunnitteluvuosi. Eskoon keskuslaitoksen rakennukset suunnitteli arkkitehtitoimisto Helge Railo Helsingistä.  Keskuslaitoksen rakennustyöt toteutettiin viidessä rakennusvaiheessa vuosina 1967–1972. Keskuslaitos toteutui lopulta 300 paikkaisena.  Ensimmäiset huollettavat muuttivat hoito-osastoille 7.7.1969.  

Alkuperäinen nimi Etelä- ja Keski-Pohjanmaan vajaamielislaitoksen kuntainliitto muutettiin 31.5.1968 Eskoon keskuslaitoksen kuntainliitoksi. Vuonna 1978 nimi muutettiin Etelä- ja Keski-Pohjanmaan erityishuoltopiirin kuntainliitoksi, vuonna 1992 Etelä- ja Keski-Pohjanmaan sosiaalipalvelujen kuntainliitoksi ja vuonna 1994 nykyiseksi Eskoon sosiaalipalvelujen kuntayhtymäksi.  

17.4.2015 Eskoon valtuustoseminaari vahvisti uuden strategialinjauksen ja vision, jossa ensimmäistä kertaa käytettiin kuntayhtymän rekisteröitynä markkinointinimenä Tuki- ja osaamiskeskus Eskoota. Nimityksen taustalla olivat sote–uudistuksen linjaukset, joissa määriteltiin tulevaksi sote–toimijaksi maakunta.